La mise au point du test Xpert MTB/RIF [Cepheid, Sunnyvale, États-Unis d’Amérique (États-Unis)] a représenté une avancée importante dans l’amélioration du diagnostic de la tuberculose et de la détection de la résistance à la rifampicine dans le monde. Cependant, la sensibilité de ce test n’est pas parfaite, en particulier chez les personnes (y compris les enfants) pour qui le résultat du frottis s’avère négatif et chez celles (y compris les enfants) vivant avec le VIH. Le test Xpert MTB/RIF Ultra (Cepheid, Sunnyvale, États-Unis), appelé ci-après Xpert Ultra, a été mis au point par ce fabricant comme test de nouvelle génération pour remédier à ces inconvénients. Le test Xpert Ultra a une limite de détection plus basse que le test Xpert MTB/RIF, et dispose, pour les résultats, de la catégorie semi-quantitative supplémentaire pour faire état de la présence de « traces ». Il utilise la même plate-forme GeneXpert® que le test Xpert MTB/RIF. Chez les enfants âgés de moins de 15 ans qui ont des signes et des symptômes de tuberculose pulmonaire, il est fortement recommandé d’utiliser le test Xpert MTB/RIF comme test de diagnostic initial pour la détection de la tuberculose et de la résistance à la rifampicine dans les échantillons d’expectorations (que celles-ci soient induites ou spontanées), de liquide d’aspiration gastrique, de produit d’aspiration nasopharyngée et de selles, plutôt que de recourir à un examen microscopique de frottis, à une culture et aux tests phénotypiques de sensibilité aux médicaments. Dans cette population, il est recommandé d’utiliser le test Xpert Ultra comme test de diagnostic initial de la tuberculose et de détection de la résistance à la rifampicine dans les expectorations ou les échantillons de selles, plutôt que de recourir à un examen microscopique de frottis, une culture et aux tests phénotypiques de sensibilité aux médicaments (16).
L’évaluation de l’exactitude diagnostique du test Xpert Ultra réalisé sur des échantillons de liquide d’aspiration gastrique ou de selles pour la recherche d’une tuberculose pulmonaire chez les enfants figurait parmi les priorités de recherche dans les lignes directrices de 2020 sur les tests diagnostiques rapides ainsi que dans leur mise à jour de 2021. Une revue systématique et une méta-analyse ont donc été réalisées pour évaluer l’utilisation du test Xpert Ultra sur deux types d’échantillons pédiatriques, à savoir le liquide d’aspiration gastrique et les selles, pour lesquels les données disponibles étaient insuffisantes au moment de la réunion du GDG sur les tests moléculaires qui s’est tenue en décembre 2019 (18).
Question PICO. Chez les enfants âgés de moins de 10 ans qui ont des signes et des symptômes de tuberculose pulmonaire et qui se rendent dans un établissement de soins, le diagnostic de tuberculose pulmonaire et de résistance à la rifampicine doit-il être posé à l’aide d’un test Xpert Ultra réalisé sur du liquide d’aspiration gastrique ou des selles plutôt qu’en utilisant une norme de référence microbiologique ou composite?
Données probantes. En préparation de la réunion du GDG sur la prise en charge de la tuberculose chez les enfants et les adolescents, une mise à jour de la revue portant sur l’exactitude diagnostique des tests Xpert MTB/RIF et Xpert Ultra pour la tuberculose chez les enfants (18) a été effectuée. Une recherche systématique des publications existantes a été réalisée en janvier 2021. Cette mise à jour portait spécifiquement sur l’exactitude diagnostique du test Xpert Ultra réalisé sur des échantillons de lavage gastrique ou de liquide d’aspiration gastrique et sur des échantillons de selles pour le diagnostic de la tuberculose pulmonaire et de la résistance à la rifampicine chez les enfants âgés de moins de 10 ans. Neuf études ayant évalué l’exactitude diagnostique du test Xpert Ultra réalisé sur des échantillons de liquide d’aspiration gastrique et/ou de selles chez les enfants ont été identifiées. Pour la méta-analyse, les données ont été obtenues à partir de six études (653 participants) pour les échantillons gastriques (19-24) et de six études (1278 participants) pour les échantillons de selles (20, 23-27). La revue a révélé que pour le liquide d’aspiration gastrique, la sensibilité du test Xpert Ultra était de 64 % chez les enfants âgés de 0 à 9 ans, par rapport à une norme de référence microbiologique, et que sa spécificité était de 95 %. Pour les selles, sa sensibilité était de 53 % chez les enfants âgés de 0 à 9 ans, par rapport à une norme de référence microbiologique, et sa spécificité était de 98 %. Les estimations de la sensibilité par rapport à une norme de référence composite étaient plus faibles pour les deux types d’échantillons. Aucune étude n’a évalué l’exactitude diagnostique du test Xpert Ultra pour la détection de la résistance à la rifampicine à partir d’échantillons de liquide d’aspiration gastrique ou de selles.
Sur les neuf études, huit (89 %) ont indiqué la proportion de résultats positifs du test Xpert Ultra correspondant à la présence de traces. Dans ces huit études, sur le total des résultats positifs au test Xpert Ultra, la proportion (exprimée en pourcentage) de résultats indiquant la présence de traces était comprise entre 0 % et 66 % (médiane : 52 %) dans celles ayant évalué des échantillons gastriques, et entre 0 % et 84 % (médiane : 52 %) dans celles ayant évalué des échantillons de selles.
Observations du GDG. Les membres du GDG ont constaté que, du fait de la nature paucibacillaire de la tuberculose chez les enfants, la sensibilité de l’ensemble des tests de détection de la tuberculose, y compris de la norme de référence microbiologique (généralement la culture ou le test Xpert Ultra réalisé sur des prélèvements respiratoires), est insuffisante dans cette tranche d’âge. Le groupe d’experts a donc souligné qu’un résultat positif permet de déterminer avec exactitude un cas de
tuberculose-maladie, mais qu’un résultat négatif n’exclut pas ce diagnostic. Étant donné qu’aucune étude n’a évalué l’exactitude diagnostique du test Xpert Ultra pour la détection de la résistance à la rifampicine chez les enfants, les conclusions relatives à son utilisation pour cette détection ont reposé sur les données concernant des adultes ayant fait l’objet d’une évaluation lors de la préparation des lignes directrices de 2020 sur le diagnostic rapide. Les membres du GDG ont convenu que les effets souhaitables du test réalisé sur ces deux types d’échantillons sont modérés, mais qu’ils sont importants en ce qui concerne la détection de la résistance à la rifampicine, la détection d’une telle résistance ayant une influence considérable sur le choix d’un traitement efficace. Le groupe d’experts a noté que les résultats faux négatifs doivent être interprétés dans le contexte du tableau clinique, et que les cliniciens ne doivent pas se fonder uniquement sur un résultat de test négatif pour exclure la maladie. Le GDG a jugé que l’équilibre entre les différents effets était en faveur de l’intervention (en tenant compte à la fois des effets souhaitables modérés et des effets indésirables faibles), sur la base de données probantes dont le degré de certitude était modéré concernant les échantillons de liquide d’aspiration gastrique et de selles.
Le GDG a estimé qu’il faudrait consacrer davantage de temps et de ressources à la formation à la réalisation du prélèvement d’échantillons de liquide d’aspiration gastrique, et aussi que cette procédure impliquait souvent une hospitalisation. Selon la méthode utilisée, la préparation de l’échantillon de selles peut demander plus de temps. Le groupe d’experts a décidé de comparer le coût des tests en fonction du type d’échantillon utilisé par rapport à la non-réalisation des tests. Il en a conclu que les coûts varient pour les deux types d’échantillons.
Si aucune étude n’a porté sur le rapport coût-efficacité de la réalisation des tests sur du liquide d’aspiration gastrique, une étude coût-efficacité a comparé la réalisation de tests sur des selles au diagnostic clinique dans les SSP en Ouganda, en prenant pour hypothèse que l’obtention de chaque échantillon respiratoire nécessiterait une orientation vers un hôpital ou la réalisation d’un prélèvement invasif (voir l’annexe 4 disponible sur le Web). Comparée à cette norme de soins, la réalisation d’un test sur des selles était plus efficace, mais elle était aussi plus coûteuse. Les membres du GDG ont constaté que le rapport coût-efficacité du test Xpert Ultra réalisé sur des échantillons de selles est favorable même à un niveau de prévalence de la tuberculose de 3 % si le taux d’actualisation est nul (l’actualisation est une pratique consistant à ajuster les effets futurs sur la santé). Certains aspects liés à la mise en oeuvre, notamment l’importance de l’obtention d’une confirmation microbiologique et de la détection de la résistance à la rifampicine, renforceraient encore la nature favorable du rapport coûtefficacité du test réalisé sur des selles. Le groupe d’experts a donc conclu que les données probantes sont probablement en faveur de la réalisation du test Xpert Ultra sur des échantillons de selles.
En termes d’acceptabilité, bien que le prélèvement d’un échantillon de liquide d’aspiration gastrique se soit révélé être une procédure invasive (qui peut être désagréable pour les enfants), le groupe d’experts a estimé que cette procédure est probablement acceptable pour les enfants, les personnes qui s’occupent d’eux et les agents de santé, compte tenu de son utilité pour obtenir une confirmation bactériologique dans les établissements de niveau élevé. Le GDG a noté l’importance du caractère non invasif des prélèvements d’échantillons de selles pour la réalisation des examens bactériologiques en vue d’un diagnostic de la tuberculose chez les enfants, et a reconnu que le prélèvement de ce type d’échantillon était acceptable pour toutes les parties prenantes concernées, notamment les agents de santé, les techniciens de laboratoire, les parents et les enfants. Le groupe d’experts a convenu qu’en dépit des exigences de formation et de compétences, la mise en oeuvre de l’utilisation du test Xpert Ultra sur du liquide d’aspiration gastrique est probablement faisable, en particulier aux niveaux les plus élevés du système de santé. La majorité des membres du groupe ont estimé que la mise en oeuvre de la réalisation de tests Xpert Ultra sur des échantillons de selles était faisable à tous les niveaux du système de santé (voir l'annexe 3 disponible sur le Web).