Malgré son innocuité, le BCG est un vaccin vivant atténué (BCG M. bovis). Les contre-indications sont les suivantes :
- Grossesse ;
- Personnes vivant avec le VIH, mais qui ne reçoivent pas de TAR, ou qui reçoivent un TAR, mais qui ne sont pas stables sur le plan immunologique ;
- Personnes ayant d’autres formes d’immunosuppression (par exemple, candidats à une transplantation d’organe ou personnes sous traitement immunosuppresseur).