Durante el proceso de centrifugado pueden producirse aerosoles, de modo que las medidas de seguridad deben seguirse estrictamente cuando se maneja la centrifugadora.
Durante el funcionamiento, la tapa de la centrifugadora debe estar completamente cerrada. El uso de un sello no poroso amplio asegurará que la tapa queda herméticamente cerrada. La tapa no se abrirá hasta que el rotor se haya detenido por completo. Los rotores apropiados tienen cierres de seguridad para cada compartimento. Las tapas de cada cubeta y cada tubo deben cerrarse debidamente antes de poner en marcha la centrifugadora. Para contener los aerosoles, cada cubeta de centrifugadora sellada debe cargarse y descargarse en una CSB. Para el tratamiento de cultivos de M. tuberculosis, se recomiendan las centrifugadoras refrigeradas con cubetas oscilantes.
Cuando se utiliza una microcentrifugadora para la extracción de ADN, se necesita un rotor de seguridad con una tapadera sellada; la microcentrifugadora debe cargarse y descargarse en el interior de una CSB.
Las centrifugadoras deben inspeccionarse periódicamente para comprobar su estado de desgaste y de uso; el mantenimiento debe seguir las especificaciones del fabricante.