Siempre deben utilizarse cubetas de centrifugadora de cierre hermético; se cargarán y descargarán en una CSB. Si se produce una rotura durante la centrifugación, los tubos rotos deben eliminarse en un recipiente resistente a las perforaciones y desecharse de inmediato.
Hay que descontaminar las cubetas de centrifugadora sumergiéndolas en un desinfectante apropiado. No debe utilizarse lejía para desinfectar piezas metálicas debido a su efecto corrosivo. También pueden descontaminarse las cubetas en la autoclave.