Todos los cultivos que den resultado positivo para M. tuberculosis deben tratarse en la autoclave antes de su eliminación. Debe haber una autoclave en las proximidades o en el interior del laboratorio en el que se realizan cultivos de M. tuberculosis.
Todo el material contaminado (es decir, potencialmente infeccioso) salvo el material punzocortante debe introducirse en bolsas de plástico desechables antes de transportarlas para su incineración. Si es posible, el material procedente de laboratorios de tuberculosis no debe desecharse en un vertedero ni siquiera después de la descontaminación.
En cada puesto de trabajo habrá recipientes para desechos o bandejas o tarros irrompibles (por ejemplo, de plástico). Se utilizarán desinfectantes apropiados y eficaces contra M. tuberculosis; el material de desecho debe permanecer en contacto con el desinfectante (es decir, no debe estar protegido por burbujas de aire) durante el tiempo apropiado, según el desinfectante que se emplee. Los recipientes para desechos deben descontaminarse y lavarse antes de reutilizarlos.
En los laboratorios en los que el riesgo de infección por M. tuberculosis es bajo, los recipientes de plástico para esputos, los cartuchos utilizados para el análisis molecular (por ejemplo, los cartuchos de Xpert MTB/RIF) y los palillos aplicadores de madera deben retirarse del laboratorio en bolsas de desechos selladas y ser incinerados.