La incineración correcta de residuos peligrosos exige un medio eficiente para controlar la temperatura y una cámara de combustión secundaria. Muchos incineradores, especialmente los que solo tienen una cámara de combustión, son insuficientes para tratar material infeccioso o plástico. Si se utiliza este tipo de incineradores, puede suceder que esos materiales no se destruyan por completo y los efluentes de la chimenea pueden contaminar la atmósfera con microorganismos, sustancias químicas y vapores tóxicos. Sin embargo, existen muchas configuraciones satisfactorias para las cámaras de combustión. En condiciones ideales, la temperatura en la cámara primaria debe ser de al menos 800°C, y en la cámara secundaria de al menos 1000°C. Para alcanzar las temperaturas necesarias, los incineradores deben tener un diseño adecuado y manejarse y mantenerse debidamente.
Los materiales destinados a la incineración, aunque hayan sido descontaminados, han de ser transportados hasta el incinerador en bolsas, preferiblemente de plástico. Los operarios han de recibir las debidas instrucciones acerca de la carga del incinerador y el control de la temperatura. El manejo eficiente de un incinerador depende de que se disponga de la combinación adecuada de materiales en los desechos que se van a incinerar.
Se han manifestado preocupaciones en cuanto a los posibles efectos ambientales negativos de los incineradores y siguen haciéndose esfuerzos para lograr que los incineradores sean menos nocivos para el medio ambiente y eficientes desde el punto de vista energético. Las autoclaves son una alternativa a la incineración.