En muchos entornos con carga alta de TB, la baciloscopia sigue siendo la técnica diagnóstica básica para la evaluación de las personas que acuden con signos y síntomas de TB. La baciloscopia de esputo es una prueba relativamente poco sensible, con un umbral de detección de 5000-10 000 bacilos por mililitro de esputo; además, no diferencia las cepas sensibles de las cepas farmacorresistentes. La OMS recomienda que los programas de TB hagan la transición de la microscopia como prueba diagnóstica inicial hacia las PDRm recomendadas por la OMS que permiten la detección del complejo M. tuberculosis.
El método de referencia actual para la confirmación bacteriológica de la TB es el cultivo usando medios líquidos disponibles en el mercado. Sin embargo, el cultivo no se usa como prueba diagnóstica básica en muchos países con carga alta de TB debido a su costo, las exigencias de infraestructura (nivel de bioseguridad 3 o laboratorio de contención de la TB) y el lapso prolongado para la obtención de resultados (de 1 a 3 semanas para un resultado positivo y hasta 6 semanas para un resultado negativo). No obstante, la microscopia y el cultivo convencionales siguen siendo necesarios en el seguimiento de la respuesta al tratamiento de los pacientes.
El método clásico convencional para detectar la resistencia a los medicamentos contra la TB se basa en la PSF fenotípica evaluada en medios de cultivo líquidos o sólidos. Sin embargo, las pruebas fenotípicas son lentas (tardan desde algunas semanas hasta meses para generar resultados), sobre todo debido a la tasa lenta de crecimiento del complejo M. tuberculosis, lo que a menudo genera resultados demasiado tardíos para fundamentar el tratamiento, interrumpir la aparición de resistencias adicionales o su propagación, o evitar la mortalidad. Otro problema es que las PSF fenotípicas basadas en el cultivo exigen una infraestructura de laboratorio compleja, personal capacitado y un control estricto de la calidad. Además, no existen métodos fenotípicos fiables de PSF para algunos fármacos de primera y segunda línea, y en el caso de algunos medicamentos (por ejemplo, la pirazinamida) es técnicamente difícil generar resultados fiables de PSF (5). Dada la posibilidad de causar daños por resultados incorrectos de las PSF, al tomar decisiones clínicas no se recomienda utilizar las PSF fenotípicas para cicloserina y terizidona; etambutol (EMB); imipenem-cilastatina/meropenem; ETO/ protionamida; y ácido p-aminosalicílico (PAS).
A pesar de sus desventajas, las PSF fenotípicas basadas en el cultivo siguen siendo esenciales en el caso de los fármacos para los cuales no existe aún ninguna prueba molecular fiable, pero para los que existen métodos fenotípicos precisos y reproducibles (por ejemplo, la BDQ). Además, las PSF fenotípicas pueden necesitarse incluso con fármacos para los cuales existen pruebas moleculares confiables y precisas, cuando es necesario investigar los resultados discordantes o realizar otras pruebas en el caso de resultados inesperados de los análisis moleculares (ya sea de resistencia o sensibilidad).